Сюжет сериала разворачивается в 1960-х годах в Москве, когда город сталкивается с неожиданной угрозой: вспышкой черной оспы, болезни, ранее считавшейся побежденной. В условиях паники и неопределенности КГБ принимает решение назначить на борьбу с эпидемией полковника Шилова. Это назначение становится личным делом для Шилова, так как у него есть давние счеты с этой болезнью. Его задача заключается в том, чтобы выявить всех заразившихся и остановить распространение вируса.
Однако поиск зараженных оказывается не таким простым делом, как предполагал Шилов. Заболевание уже проникло в теневые уголки жизни столицы, где обитают те, кто занимается фарцовкой, подпольными тотализаторами, проституцией и наркотиками. Чтобы справиться с поставленной задачей, полковнику необходимо будет погрузиться в криминальный мир города и раскрыть его мрачные секреты.
Основной конфликт начинается с того, что Шилов сталкивается не только с вирусом, но и с теми, кто пытается извлечь выгоду из сложившейся ситуации. Взаимоотношения между героями становятся все более напряженными: кто-то готов пожертвовать всем ради выживания и наживы, тогда как другие пытаются защитить свои интересы любой ценой. Этот моральный выбор становится одним из ключевых элементов повествования.
Полковник Шилов понимает, что для выполнения своей миссии ему придется применять нестандартные методы. Он вынужден устанавливать контакты с представителями криминального мира, которые могут предоставить информацию о распространении оспы. Каждое новое взаимодействие становится испытанием не только для его профессионализма, но и для личных принципов.
С развитием событий Шилов начинает осознавать, что его борьба не ограничивается лишь поиском виновных. Он оказывается втянутым в сложную паутину интриг и преступлений, что заставляет его переосмыслить свои действия и цели. Каждый шаг приближает его к истине о том, как глубоко укоренились пороки общества и насколько опасна эта болезнь не только физически, но и морально.